自从MySQL5.5版本以后，InnoDB成为了MySQL的默认存储引擎，代替了原先的MyISAM。这是因为在新版MySQL中，InnoDB具有更优秀的性能、功能和可靠性，优于MyISAM。

InnoDB支持事务，多版本并发控制（MVCC），并保证ACID（原子性、一致性、隔离性和持久性）属性。InnoDB引擎有着高效的读写速度，足以满足大部分应用场景的需求。此外，InnoDB还支持外键、行级锁（MyISAM只支持表级锁）、崩溃恢复等功能，让开发者更加方便地实现数据完整性和可靠性。

如果你在创建MySQL数据库时没有指定存储引擎，系统默认的引擎就是InnoDB。当使用“CREATE TABLE”语句时，如果不显式指定存储引擎，InnoDB也会被默认使用。

CREATE TABLE table_name (
column1 datatype1,
column2 datatype2,
.....
);

当然，如果你需要用到MyISAM引擎的特性，如FULLTEXT索引、压缩表等，可以选择手动指定为MyISAM。

CREATE TABLE table_name (
column1 datatype1,
column2 datatype2,
.....
) ENGINE = MyISAM;

总的来说，在MySQL5.5版本之后，InnoDB作为默认引擎，已经成为大多数应用场景的首选。对于需要使用MyISAM特性的项目，手动指定存储引擎即可。