Java中，启动线程的两种方式包括start()和run()方法。虽然它们都可以启动线程，但是它们之间有一些重要的区别。

首先，start()方法是一个非常重要的方法，因为它会使线程开始执行。当调用start()方法时，JVM会为该线程分配一个新的堆栈，并在新的堆栈上运行该线程的run()方法。

public void start()
public void run()

接下来，让我们来比较一下这两个方法。当我们调用start()方法时，线程进入了就绪状态，并等待JVM调用它的run()方法。而如果我们调用run()方法，那么线程直接在当前堆栈上运行，而不是在新的堆栈上运行。因此，如果我们熟悉线程的工作原理，那么我们可以推断出，调用run()方法不会创建新的线程。

此外，对于实现Runnable接口的类，其start()方法不会执行run()方法，而是会调用它自己的run()方法。例如：

public class MyRunnable implements Runnable {
public void run() {
//实现线程要做的工作
}
public static void main(String[] args) {
Thread t = new Thread(new MyRunnable());
t.start(); //调用的是Thread自己的start()方法
}
}

最后，需要注意的是，如果我们在一个线程中调用自己的start()方法，那么它会发生什么呢？其实，这是非常危险的行为，因为它会导致线程死锁或者永远等待。这是因为在调用start()方法时，JVM会为该线程分配一个新的堆栈，而如果我们在当前堆栈上运行run()方法，那么线程将永远等待自己的run()方法完成。

综上所述，start()方法是启动线程的首选方式，因为它会创建一个新的线程，并在新的线程上运行run()方法。而调用run()方法不会创建新的线程，因此它在很多情况下都是不适用的。