Java版和Windows版是两种不同的软件版本，它们在很多方面都有很大的区别。

首先，Java版是基于Java程序开发的，而Windows版则是基于Windows操作系统的。因此，Java版可以在各种不同的操作系统上运行，而Windows版只能在Windows操作系统上运行。

Java版代码示例：
public class HelloWorld {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello, World!");
}
}

Windows版代码示例：
#includeint WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow) {
MessageBox(NULL, "Hello, World!", "Greeting", MB_OK);
return 0;
}

其次，Java版和Windows版在编程语言上也有很大的不同。Java版主要使用Java编程语言，它是一种面向对象的编程语言。而Windows版则可以使用多种编程语言，如C、C++、C#等。

最后，Java版和Windows版在应用领域上也不尽相同。Java版主要应用于Web开发、游戏开发等领域，而Windows版则主要应用于桌面应用程序的开发。

综上所述，Java版和Windows版是两种不同的软件版本，它们在操作系统、编程语言和应用领域等方面都有很大的不同。