Java EE是Java平台上的一种企业级应用程序开发标准，可以方便地将Java技术用在企业级应用开发中。其中，Java EE 5.0和Java EE 6.0是比较常用的版本，下面我们来看看它们有哪些区别。

一. 打包方式

Java EE 5.0通过EJB 3.0提出了"POJO(Plain Old Java Object)指导原则"，将Servlet、JSP和EJB进行整合，打包为统一的WAR(Web Archive)文件。
Java EE 6.0进一步简化了打包方式，提出了Web Profile概念，允许开发者打包仅包含一部分Java EE规范的WAR文件，不需要依赖完整的Java EE容器。

二. 注解支持

Java EE 5.0中已经支持注解方式定义EJB、Servlet和JSP。
Java EE 6.0中进一步增强了注解的使用，支持为EJB甚至是整个应用声明一份描述文件，即在Java中用代码配置应用程序，取代了以往的XML配置文件。

三. 上下文依赖注入

Java EE 5.0中，EJB和Servlet都可使用上下文依赖注入(CDI:Contexts and Dependency Injection)技术，通过注解方式完成自动化的组件注入。
Java EE 6.0中进一步增强了CDI的功能，可以使用事件、拦截器、装饰器等方式扩展组件的行为和属性。

四. RESTful服务支持

Java EE 5.0对RESTful服务支持有限，需要使用JSR-311（JAX-RS）规范来实现。
Java EE 6.0中内置了对JAX-RS的支持，提供了一套标准API，方便开发者开发REST风格的服务。

五. 其他改进

Java EE 6.0在应用服务器性能和管理方面都有一定的优化。
Java EE 6.0支持更多的技术，比如SIP(Session Initiation Protocol)协议、JMS(Java Message Service)2.0、JSF(JavaServer Faces)2.0等。
Java EE 6.0进一步简化了一些API，比如Servlet、JSP、EJB等的API，Java EE 5.0中一些繁琐的API也作了大量的简化和合并。

总的来说，Java EE 6.0相比于Java EE 5.0，在开发效率、标准支持、部署便捷性、性能提升等方面都有不少改进。