MySQL数据库中，日志文件主要有以下几种：

• 二进制日志（binlog）
• 错误日志（error log）
• 查询日志（general query log）
• 慢查询日志（slow query log）
• 中继日志（relay log）

而在MySQL5.6版本中，日志文件的相关设置可以在my.cnf中进行：

log_bin = /var/log/mysql/mysql-bin.log      #开启二进制日志
log_error = /var/log/mysql/mysql-error.log  #开启错误日志
general_log_file = /var/log/mysql/mysql.log #开启查询日志
slow_query_log_file = /var/log/mysql/mysql-slow.log #开启慢查询日志
relay_log = /var/log/mysql/mysql-relay-bin   #开启中继日志
expire_logs_days = 10           #设置二进制日志文件的保留天数
max_binlog_size = 100M          #设置二进制日志文件的最大大小

其中，binlog记录的是数据库的修改操作，而error log记录的是错误信息。查询日志和慢查询日志则会记录数据库的查询操作，但慢查询日志只会记录查询时间超过设定时间阈值的查询。如果开启了中继日志，那么主从复制的过程中，中继日志将记录与传输有关的操作。

在MySQL5.6版本中，我们可以通过如下命令查看日志：

$ tail -100f /var/log/mysql/mysql.log #查看查询日志
$ tail -100f /var/log/mysql/mysql-slow.log #查看慢查询日志
$ tail -100f /var/log/mysql/mysql-error.log #查看错误日志

需要注意的是，日志文件的过多或过大可能会影响服务器的性能，因此我们需要定期删除或压缩旧的日志文件，或者设置expire_logs_days参数来自动删除旧的二进制日志文件。